W Bibliotece obowiązują:

• tradycyjne karty biblioteczne – wydawane przy zapisie w Bibliotece Medycznej lub Bibliotece Jagiellońskiej osobom, które nie posiadają elektronicznej legitymacji studenckiej,
• elektroniczne legitymacje studenckie (ELS).

Karta i aktywacja konta jest bezpłatna dla studentów, doktorantów i pracowników UJ.

Pozostali użytkownicy płacą:

• 10 zł za ustanowienie konta/wydanie karty bibliotecznej,
• 5 zł za aktywację konta na bieżący rok akademicki.

Wydanie duplikatu karty bibliotecznej kosztuje 15 zł.

Konto biblioteczne ważne w Bibliotece Medycznej upoważnia także do korzystania z pozostałych bibliotek na wydziałach Collegium Medicum (Biblioteka Instytutu Pediatrii, Biblioteka Instytutu Pielęgniarstwa i Położnictwa, Biblioteka Instytutu Stomatologii) na zasadach określonych w ich regulaminach.

Karta biblioteczna wydana przez Bibliotekę Medyczną zachowuje ważność w Bibliotece Jagiellońskiej na zasadach określonych w jej regulaminie.