Księgozbiór Biblioteki liczy około 300 000 woluminów druków zwartych, z czego część funkcjonuje jako kolekcje podręczne poszczególnych katedr, oraz zbiory dydaktyczne bibliotek instytutowych. W katalogu podana jest zawsze lokalizacja poszukiwanej pozycji. Wydzielono obszerny księgozbiór podręczników studenckich, dostępny w Wypożyczalni. Najnowsze wydania podręczników znajdują się także w Czytelni do korzystania na miejscu.
Biblioteka zapewnia dostęp do książek w formie elektronicznej zamieszczonych na takich platformach jak: Ibuk, Access Medicine, Access Surgery, MyiLibrary, Medicines Complete, Ebrary Academic Complete. Wyszukiwanie książek elektronicznych ułatwia wyszukiwarka e-zasoby. Dostęp do zasobów elektronicznych dla uprawnionych użytkowników jest możliwy ze wszystkich komputerów w sieci UJ oraz zdalnie z własnych urządzeń (zob. Zdalny dostęp do sieci).
Biblioteka posiada dużą kolekcję czasopism, w tym najważniejsze tytuły recenzowane. Bieżąca kolekcja obejmuje ok. 8000 tytułów dostępnych online oraz ponad 300 czasopism polskich w wersji drukowanej, dostępnych w Czytelni (tytuły z pięciu ostatnich lat, starsze roczniki w Magazynie). Niektóre specjalistyczne tytuły znajdują się również w bibliotekach instytutowych.
Rozprawy habilitacyjne i doktorskie obronione na naszej Uczelni są opracowywane komputerowo, a informacja o nich dostępna jest poprzez Katalog Komputerowy.
Prace doktorskie obronione od 2004 roku na Wydziale Lekarskim, Wydziale Farmaceutycznym oraz na Wydziale Nauk o Zdrowiu są ponadto dostępne w wersji pełnotekstowej w Cyfrowej Bibliotece Medycznej. Szczegółowe informacje zob. Rozprawy doktorskie.
Biblioteka oferuje czytelnikom dostęp do bogatej kolekcji polsko- i obcojęzycznej literatury medycznej z przełomu XIX/XX wieku. Zbiór historyczny jest na bieżąco opracowywany i dostępny w Katalogu Komputerowym.
zob. też Jak korzystać z katalogu komputerowego?
Zbiory Biblioteki Medycznej UJ CM (w tym zbiory czytelniane w wolnym dostępie) zaaranżowano według klasyfikacji National Library of Medicine (NLM, USA) stosowanej w większości bibliotek medycznych na świecie. Kolekcje zbiorów wykraczające poza tematykę ściśle medyczną objęte są klasyfikacją Library of Congress (LC, USA)
Zgodnie z obowiązującymi standardami
Korzystając z Katalogu Komputerowego można wpisać symbol klasyfikacji do pola „sygnatura”, by zorientować się, jakie książki na dany temat posiada Biblioteka Medyczna lub jej agendy.
Zobacz ogólny schemat klasyfikacji NLM
Zobacz ogólny schemat klasyfikacji LC