Księgozbiór Biblioteki liczy około 300 000 woluminów druków zwartych, z czego część funkcjonuje jako kolekcje podręczne poszczególnych katedr, oraz zbiory dydaktyczne bibliotek instytutowych. W katalogu  podana jest zawsze lokalizacja poszukiwanej pozycji. Wydzielono obszerny księgozbiór podręczników studenckich, dostępny w Wypożyczalni. Najnowsze wydania podręczników znajdują się także w Czytelni do korzystania na miejscu.

Biblioteka zapewnia dostęp do książek w formie elektronicznej zamieszczonych na takich platformach jak: Ibuk, Access Medicine, Access Surgery, MyiLibrary, Medicines Complete, Ebrary Academic Complete. Wyszukiwanie książek elektronicznych ułatwia wyszukiwarka e-zasoby. Dostęp do zasobów elektronicznych dla uprawnionych użytkowników jest możliwy ze wszystkich komputerów w sieci UJ oraz zdalnie z własnych urządzeń (zob. Zdalny dostęp do sieci).

Biblioteka posiada dużą kolekcję czasopism, w tym najważniejsze tytuły recenzowane. Bieżąca kolekcja obejmuje ok. 8000 tytułów dostępnych online oraz ponad 300 czasopism polskich w wersji drukowanej, dostępnych w Czytelni (tytuły z pięciu ostatnich lat, starsze roczniki w Magazynie). Niektóre specjalistyczne tytuły znajdują się również w bibliotekach instytutowych.

Rozprawy habilitacyjne i doktorskie obronione na naszej Uczelni są opracowywane komputerowo, a informacja o nich dostępna jest poprzez  Katalog Komputerowy.
Prace doktorskie obronione od 2004 roku na Wydziale Lekarskim, Wydziale Farmaceutycznym oraz na Wydziale Nauk o Zdrowiu są ponadto dostępne w wersji pełnotekstowej w Cyfrowej Bibliotece Medycznej. Szczegółowe informacje zob. Rozprawy doktorskie.

Biblioteka oferuje czytelnikom dostęp do bogatej kolekcji polsko- i obcojęzycznej literatury medycznej z przełomu XIX/XX wieku. Zbiór historyczny jest na bieżąco opracowywany i dostępny w Katalogu Komputerowym.

• Katalog Komputerowy
  Katalog komputerowy zbiorów Bibliotek UJ w odniesieniu do Collegium Medicum obejmuje:
  • wszystkie wydawnictwa książkowe wydane po 1995 r. znajdujące się w Bibliotece Medycznej UJ CM (wcześniejsze wydania w trakcie uzupełniania)
  • wszystkie książki z bieżącego wpływu (po 2004 r.) dostępne w Bibliotece Medycznej UJ CM oraz w bibliotekach wydziałów, instytutów, katedr i zakładów
  • referencyjny zasób literatury znajdujący się w Czytelni Biblioteki Medycznej UJ CM
  • całość księgozbioru dydaktycznego (wieloegzemplarzowe skrypty i podręczniki)
  • prace doktorskie i habilitacyjne obronione w UJ CM
  • kolekcje medycznych druków XIX w. oraz wydanych w latach 1901-1945 znajdujących się w zbiorach Biblioteki Medycznej UJ CM
  • kolekcje czasopism polskich i zagranicznych (w trakcie uzupełniania)
  • kolekcje dokumentów elektronicznych (w wyborze)
  • książki elektroniczne polskie i zagraniczne, dostępne w sieci uczelnianej UJ CM

zob. też Jak korzystać z katalogu komputerowego?

• Katalogi kartkowe
  Katalogi tradycyjne obejmują zasoby:
  • Biblioteki Medycznej do roku 1995
  • bibliotek wydziałowych, instytutowych i zakładowych do roku 2005

• NUKAT
  Narodowy Uniwersalny Katalog Centralny Polskich Bibliotek Naukowych przydatny w poszukiwaniu pozycji nie notowanych w zbiorach bibliotecznych UJ CM. 

• KaRo
  Katalog Rozproszony Bibliotek Polskich – dodatkowe narzędzie ułatwiające poszukiwania pozycji niedostępnych w zbiorach bibliotecznych UJ CM.

Organizacja zbiorów – klasyfikacja