Księgozbiór Biblioteki liczy około 300 000 woluminów druków zwartych, z czego część funkcjonuje jako kolekcje podręczne poszczególnych katedr oraz zbiory dydaktyczne bibliotek instytutowych. W katalogu komputerowym podana jest lokalizacja poszukiwanej pozycji. Obszerny księgozbiór podręczników studenckich jest dostępny w Wypożyczalni. Najnowsze wydania podręczników znajdują się także w Czytelni Książek do korzystania na miejscu.
Biblioteka zapewnia dostęp do książek w formie elektronicznej zamieszczonych na takich platformach jak: Ibuk, Access Medicine, Access Surgery, MyiLibrary, Medicines Complete, Ebrary Academic Complete. Wyszukiwanie książek elektronicznych ułatwia wyszukiwarka e-zasoby. Dostęp do zasobów elektronicznych dla uprawnionych użytkowników jest możliwy ze wszystkich komputerów w sieci UJ oraz zdalnie z własnych urządzeń (zob. Biblioteka zdalnie).
Biblioteka posiada dużą kolekcję czasopism, w tym najważniejsze tytuły recenzowane. Bieżąca kolekcja obejmuje ok. 8000 tytułów dostępnych online oraz ponad 300 czasopism polskich w wersji drukowanej dostępnych w Czytelni (tytuły z pięciu ostatnich lat, starsze roczniki w Magazynie). Niektóre specjalistyczne tytuły znajdują się również w bibliotekach instytutowych.
Rozprawy habilitacyjne i doktorskie obronione na naszej Uczelni są opracowywane komputerowo, a informacja o nich dostępna jest poprzez katalog komputerowy. Prace doktorskie obronione od 2004 roku na Wydziale Lekarskim, Wydziale Farmaceutycznym oraz na Wydziale Nauk o Zdrowiu są ponadto dostępne w wersji pełnotekstowej w Cyfrowej Bibliotece Medycznej (szczegółowe informacje zob. Rozprawy doktorskie).
Biblioteka oferuje czytelnikom dostęp do bogatej kolekcji polsko- i obcojęzycznej literatury medycznej z przełomu XIX/XX wieku. Zbiór historyczny jest na bieżąco opracowywany i dostępny w katalogu komputerowym.
Katalog komputerowy zbiorów Bibliotek UJ w odniesieniu do Collegium Medicum obejmuje:
Zobacz też: Jak korzystać z katalogu komputerowego?
Katalogi kartkowe (tradycyjne) obejmują zasoby:
NUKAT
Narodowy Uniwersalny Katalog Centralny Polskich Bibliotek Naukowych przydatny w poszukiwaniu pozycji nie notowanych w zbiorach bibliotecznych UJ CM.
KaRo
Katalog Rozproszony Bibliotek Polskich – dodatkowe narzędzie ułatwiające poszukiwania pozycji niedostępnych w zbiorach bibliotecznych UJ CM.
Zbiory Biblioteki Medycznej UJ CM (w tym zbiory czytelniane w wolnym dostępie) zaaranżowano według klasyfikacji National Library of Medicine (NLM) stosowanej w większości bibliotek medycznych na świecie. Kolekcje zbiorów wykraczające poza tematykę ściśle medyczną objęte są klasyfikacją Library of Congress (LC).
Zgodnie z obowiązującymi standardami
Korzystając z katalogu komputerowego można wpisać symbol klasyfikacji w polu „sygnatura”, by zorientować się, jakie książki na dany temat posiada Biblioteka Medyczna lub jej agendy.
Zobacz ogólny schemat klasyfikacji NLM
Zobacz ogólny schemat klasyfikacji LC
Pełne Tablice Klasyfikacji NLM w wersji polskiej lub wersji oryginalnej
Indeks polskich terminów lub indeks w wersji oryginalnej
Schemat klasyfikacji NLM stosowany do druków wydanych do roku 1945