Idea powołania Biblioteki Wydziału Lekarskiego narodziła się w czasie szczególnym nie tylko dla Uniwersytetu, ale i dla Krakowa oraz całej tzw. Galicji Zachodniej. Rozpoczęta pod Raszynem błyskawiczna kampania dowodzonych przez ks. Józefa Poniatowskiego wojsk Księstwa Warszawskiego zakończyła się wyzwoleniem Krakowa z rąk austriackich 15 lipca 1809 roku. Przyłączenie Krakowa do powstałego zaledwie przed dwoma laty państewka zmieniało zasadniczo ramy funkcjonowania Uniwersytetu. Na powrót stawał się on polską uczelnią – z prowincjonalnego ośrodka na obrzeżach imperium Habsburgów, miał znów odgrywać znaczącą rolę w intelektualnym życiu kraju. Symbolem zmiany, a jednocześnie wyraźnym nawiązaniem do osiągnięć przedrozbiorowych w dziedzinie oświaty, było przywrócenie nazwy, którą uczelnia otrzymała w wyniku reformy kołłątajowskiej –  Szkoły Głównej Krakowskiej. Jej organizatorem w nowych warunkach był właśnie reformator doby Komisji Edukacji Narodowej – Hugo Kołłątaj, zamierzający przywrócić Uniwersytetowi znaczenie, jakie miał on w schyłkowym okresie Rzeczypospolitej Obojga Narodów.
Lata 1809-1810 to okres wytężonej, pełnej entuzjazmu pracy nad organizowaniem uczelni w zmienionych warunkach. Zapewnienie ciągłości nauczania należy uznać za wielki sukces samego Kołłątaja, jak i pozostałych w Szkole Głównej profesorów. Uniwersytet borykał się z wieloma trudnościami, w szczególności tymi natury finansowej i kadrowej (większość profesorów pochodzących z Austrii, wyjechała). Najpoważniejszy jednak problem odradzającej się Szkoły Głównej stanowił zaostrzający się w roku 1810 konflikt pomiędzy Kołłątajem (i popierającymi go profesorami) a Izbą Edukacyjną (której sojusznikiem był ówczesny rektor Sebastian Sierakowski). Spór miał swoje źródło w odmiennych wizjach organizacji systemu oświaty Księstwa Warszawskiego. Kołłątaj, nawiązując do reform Komisji Edukacji Narodowej, chciał, by szkoły w Księstwie podlegały Szkole Głównej. Natomiast Stanisław Kostka Potocki, stojący na czele Izby Edukacyjnej, forsował koncepcję podporządkowania oświaty temu ciału. Ostatecznie zwyciężyć miało to drugie rozwiązanie. Sam spór okazał się w efekcie  wyniszczający dla Uniwersytetu, a w szczególności dla Wydziału Lekarskiego.

Mimo tych trudności uczelnia działała, a tworzący ją profesorowie byli autorami szeregu inicjatyw mających na celu wzmocnienie potencjału krakowskiego ośrodka uniwersyteckiego.
Jednym z takich pomysłów, rodzących się na fali entuzjazmu lat 1809-1810 było powołanie biblioteki Wydziału Lekarskiego. Spiritus movens całego przedsięwzięcia był Sebastian Girtler – od 1809 r. prokurator Szkoły Głównej, a ponadto kierownik katedry medycyny sądowej i policji lekarskiej. Nie było dziełem przypadku, że inicjatywa utworzenia Biblioteki wyszła od profesora Girtlera. Ten bliski współpracownik Kołłątaja brał czynny udział w organizowaniu prac repolonizowanego Uniwersytetu i był ważnym członkiem zespołu przygotowującego jego reformę.  Idea powołania biblioteki, którą przedstawił w 1810 roku była naturalną kontynuacją podejmowanych przez niego działań, mających na celu podniesienie poziomu uczelni.
W roku 1810 sprawa biblioteki dyskutowana była kilkukrotnie na posiedzeniach Rady Wydziału. Oficjalnie powołano ją na posiedzeniu 15 grudnia tego roku. Na zbiory tworzonej biblioteki składać się miały pozycje przekazywane przez profesorów. Zasilić ją miały także książki po zmarłym doktorze Wytyszkiewiczu, które zamierzano nabyć na aukcji 17 grudnia 1810 r. Na dalsze zakupy książek planowano przeznaczyć środki pochodzące z wnoszonych przez studentów „Tax Examinowych i promocyi” oraz składek profesorów.

Podstawą tworzonego księgozbioru stał się dar emerytowanego profesora Rafała Czerwiakowskiego. Podczas posiedzenia 15 grudnia zadeklarował on przekazanie swoich bogatych zbiorów (obejmujących oprócz książek także narzędzia chirurgiczne i rysunki) Wydziałowi Lekarskiemu. Na wniosek S. Girtlera postanowiono uhonorować najhojniejszego donatora powstającej biblioteki w szczególny sposób: [Wydział Lekarski] „Chcąc zaś i do współczesnych tego czynu przesłać Wiadomość, a razem uwiecznić pamiątką uprosił tegoż Wiel[możnego] Czerwiakowskiego, aby Portret swój Wydziałowi ofiarować raczył, a odebrawszy od niego w tym przyrzeczenie postanowił, ażeby otwarcie tey Biblioteki uskutecznione zostało w przytomności Magnifici Rectoris i Rady Szkoły Głównej przez zawieszenie tego Portretu w miejscu Biblioteki„. [Arch. UJ, sygn. WL I 4]
Na posiedzeniu 15 grudnia 1810 roku ustalono także zasady działania biblioteki wydziałowej. Pieczę nad nią sprawować miał Dyrektor Wydziału. Książki za jego zgodą mogli wypożyczać zarówno pracownicy Wydziału jak i studenci. Ci ostatni dodatkowo przy wypożyczeniu „mieli składać wartość książek, którą sobie odbieraliby, po oddaniu książek  i to nie uszkodzonych”. Książki wypożyczano na trzy miesiące. Po tym okresie czytelnik, jeśli uzyskał zgodę dyrektora, mógł dokonać prolongaty na kolejne trzy miesiące. Jednocześnie zakazywano dalszego przedłużania terminu zwrotu, „aby książki nie ginęły”.
Szczególnie istotną była kwestia własności księgozbioru. Zastrzegano: „iż Bibliotekę tę, iako z ofiar osobistych Majątków własnych pracą i oszczędnością szczególnych Osób tenże Wydział składających nabytych, [Wydział] uważa iako własność Wydziału Lekarskiego i Chirurgicznego w Akademii Krakowskiej, niemogącą w żaden sposób jako Rządową lub do Skarbu Publicznego należeć„. [Arch. UJ, sygn. WL I 4]

Tak wyraźne podkreślanie kwestii własności księgozbioru przez założycieli Biblioteki miało swoje źródło w ówczesnej sytuacji na Uniwersytecie. Widać tu wyraźnie echa konfliktu na linii Szkoła Główna (ściślej H. Kołłątaj i  znaczna część profesorów) – Izba Edukacyjna. Obawy założycieli biblioteki brały się zapewne ze znacznego wzmocnienia pozycji Izby i jej sojusznika – rektora Sierakowskiego. Na początku roku akademickiego 1810/1811 stało się jasne, że to Izba Edukacyjna zwyciężyła w rozgrywce ze Szkoła Główną. Profesorowie Wydziału Lekarskiego postrzeganego przez Stanisława Potockiego jako ośrodek opozycji mieli szczególne powody, by czuć niepokój.
Ich obawy miały ziścić się szybciej niż ktokolwiek mógł przypuszczać. Uderzenie Izby Edukacyjnej było nagłe i skuteczne. W kilka godzin po posiedzeniu Rady Wydziału Lekarskiego, na którym powołano do życia bibliotekę, prefekt departamentu krakowskiego rozwiązał Radę Szkoły Głównej. W dwa dni później powołano Dozór Szkoły Głównej Krakowskiej. Było to jednoznaczne z podporządkowaniem Uniwersytetu Izbie Edukacyjnej i oznaczało kres reformy kołłątajowskiej, w której przygotowaniu tak istotną rolę odegrał S. Girtler. W istocie był to także początek końca idei biblioteki wydziałowej w kształcie zaproponowanym przez Girtlera. On sam zresztą jako stronnik Kołłątaja stał się ofiarą nowych porządków w Szkole Głównej. W roku akademickim 1811/1812 zmniejszono liczbę katedr na Wydziale Lekarskim, co pozwoliło usunąć z uczelni Sebastiana Girtlera, który wrócił na Uniwersytet dopiero w 1815 roku.
Biorąc pod uwagę okoliczności opuszczenia Uniwersytetu przez Girtlera, za co najmniej niestosowny można uznać raport wysłany przez nowego, narzuconego przez Izbę Edukacyjną, dziekana Wydziału Józefa Markowskiego do Dozoru Szkoły Głównej. 3 grudnia 1811 roku Markowski pisał:
„Mam honor donieść Wysokiemu Dozorowi iż na kilkakrotne wezwanie Emeritów i żywszych Profesorów dla dania Rezolucyi względem ofiar uczynionych na Bibliotekę Wydziału Lekarskiego; iedni wcale nie odpowiedzieli; w tych liczbie są wielmożni Sebastian Girtler, Józef Wiżeński i Józef Jaworski [wszyscy trzej zostali wcześniej pozbawieni katedr – przyp aut.] ; drudzy kategorycznie odpowiedzieli, że nie dadzą. Ci są Wielmożny pan Stummer, JMĆ Pan Corda i JP Czerwiakowski jak świadczą alligata tu przyłączone.” [Arch UJ, sygn. S I 395]

Cytowane pismo dziekana Markowskiego wskazuje, że mimo usunięcia z uczelni Girtlera, nie zapomniano o jego idei. Jednak z drugiej strony dowodzi, że próby reanimowania pomysłu w zmienionych warunkach funkcjonowania Uniwersytetu skazane były na niepowodzenie.
Dar profesora Rafała Czerwiakowskiego ostatecznie został przekazany Wydziałowi Lekarskiemu, skąd w 1817 roku trafił do Biblioteki Jagiellońskiej. Jerzy Samuel Bandtkie odnotował, że dzięki donacji Czerwiakowskiego księgozbiór kierowanej przez niego biblioteki powiększył się o 539 nowych dzieł i 1045 rozpraw doktorskich. Wydarzenie to symbolicznie zamyka pierwszy etap egzystencji Biblioteki Wydziału Lekarskiego.