Zasoby, jakie dziś oferuje Biblioteka Medyczna UJ CM to zarówno zbiory tradycyjne, jak i cyfrowe.

W postaci drukowanej jest to około 300 tysięcy książek i ponad 300 tytułów czasopism.

Wśród zasobów cyfrowych Biblioteka oferuje dostęp do 42 licencjonowanych baz danych,  ponad 8 tysięcy tytułów czasopism elektronicznych i ponad 69 tysięcy książek, w tym do kilkuset podręczników w języku polskim.

W zbiorach Biblioteki jest także 6,5 tysiąca jednostek zbiorów specjalnych (normy, opisy patentowe, materiały audiowizualne).

Część księgozbioru funkcjonuje jako kolekcje podręczne poszczególnych katedr oraz zbiory dydaktyczne bibliotek instytutowych. W katalogu komputerowym  podana jest lokalizacja poszukiwanej pozycji. Obszerny księgozbiór podręczników dla studentów jest dostępny bezpośrednio w Wypożyczalni. Najnowsze wydania podręczników znajdują się także w Czytelni Książek i Czasopism do korzystania na miejscu. Czasopisma w wersji drukowanej z ostatnich pięciu lat dostępne są w Czytelni (starsze roczniki w Magazynie). Niektóre specjalistyczne tytuły znajdują się również w bibliotekach instytutowych.

Dostęp do zasobów elektronicznych dla uprawnionych użytkowników jest możliwy ze wszystkich komputerów w sieci UJ oraz zdalnie z własnych urządzeń (zob. Biblioteka zdalnie). Wyszukiwanie książek w formie elektronicznej zamieszczonych na takich platformach jak: Ibuk Libra, Access Medicine, Access Surgery, ProQuest Ebook, elibrary, ClinicalKey Student ułatwia wyszukiwarka e-zasoby.

Biblioteka posiada bogatą kolekcję polsko- i obcojęzycznej literatury medycznej z XIX i XX wieku do 1945r. Zbiór historyczny jest sukcesywnie opracowywany, a opisy poszczególnych pozycji wprowadzane są do  katalogu komputerowego.

Dysertacje i rozprawy akademickie

Rozprawy doktorskie i habilitacyjne przedłożone na naszej Uczelni są na bieżąco opracowywane, a informacja o nich dostępna jest poprzez Katalog Komputerowy.

Prace doktorskie obronione od 2004 roku na Wydziale Lekarskim, Wydziale Farmaceutycznym oraz na Wydziale Nauk o Zdrowiu są ponadto dostępne w wersji pełnotekstowej (o ile autor wyraził zgodę) w Portalu Zarządzania Wiedzą UJ CM oraz w Cyfrowej Bibliotece Medycznej. Dodatkowo wybrane prace z lat wcześniejszych są digitalizowane i wprowadzane do baz w ramach retrokonwersji. Szczegółowe informacje zob. Rozprawy doktorskie.

Katalog komputerowy zbiorów Bibliotek UJ w odniesieniu do Collegium Medicum obejmuje:

• wszystkie wydawnictwa książkowe wydane po 1995 r. znajdujące się w Bibliotece Medycznej UJ CM (wcześniejsze wydania w trakcie uzupełniania),
• wszystkie książki z bieżącego wpływu (po 2004 r.) dostępne w Bibliotece Medycznej UJ CM oraz w bibliotekach wydziałów, instytutów, katedr i zakładów,
• referencyjny zasób literatury znajdujący się w Czytelni Biblioteki Medycznej UJ CM,
• całość księgozbioru dydaktycznego (wieloegzemplarzowe skrypty i podręczniki),
• prace doktorskie i habilitacyjne obronione w UJ CM,
• kolekcje medycznych druków XIX w. oraz wydanych w latach 1901-1945 znajdujących się w zbiorach Biblioteki Medycznej UJ CM,
• kolekcje czasopism polskich i zagranicznych (w trakcie uzupełniania),
• kolekcje dokumentów elektronicznych (w wyborze),
• książki elektroniczne polskie i zagraniczne dostępne w sieci uczelnianej UJ CM.

Zobacz też: Jak korzystać z katalogu komputerowego?

Katalogi kartkowe (tradycyjne) obejmują zasoby:

• Biblioteki Medycznej do roku 1995,
• bibliotek wydziałowych, instytutowych i zakładowych do roku 2005.

NUKAT
Narodowy Uniwersalny Katalog Centralny Polskich Bibliotek Naukowych przydatny w poszukiwaniu pozycji nie notowanych w zbiorach bibliotecznych UJ CM. 

KaRo
Katalog Rozproszony Bibliotek Polskich – dodatkowe narzędzie ułatwiające poszukiwania pozycji niedostępnych w zbiorach bibliotecznych UJ CM.

Organizacja zbiorów – klasyfikacja